Je zajímavé, jak malá událost může někdy obrátit naruby chod dějin. Všechno to začalo nevýznamnou obchodní plavbou zkušeného kapitána Van Tocha, který je zvyklý dělat věci po svém a mít na ně svůj názor, na tichomořský ostrov Tana Masa, kde je pověřen hledat perly. Jediným místem, kde by se ještě mohly nějaké ukrývat, je Devil's Bay, kamž vstoupit bylo zapovězeno, neboť tam „žijí čerti“. Van Toch se vodních čertů ovšem nezalekl a, plíže se po nocích, zjišťuje, že se jedná o jakýsi druh učenlivých obojživelníků, které velice rychle vycvičí přinášet lastury perlorodek výměnou za jejich otvírání, později nástroje na jejich otvírání (které si Mloci rychle osvojili) a zbraně na obranu proti žralokům, jejich úhlavním nepřátelům.
Tento malý podnik se brzy rozroste za přičinění českého průmyslníka pana Bondyho ve velký byznys. Mloci jsou rozváženi po celém světě (sami se v hluboké vodě pohybovat neumí, proto byl jejich výskyt omezený na jedinou zátoku) na nová naleziště a podaří se díky nim věc téměř nemožná — trh perlami přesytit.
Bondy však rychle najde pro pracovité a zručné Mloky nové využití ve vodních stavbách. Ale nejen úpravy břehů, kanály a přístavy, nýbrž i budování zbrusu nových kusů pevniny jsou součástí jeho utopistické vize, která se začíná naplňovat překvapivě svižnými kroky. Člověku se otevírají neslýchané možnosti: Teprve nyní, s dobytím oceánů, se stává pánem světa. (A nebo ne?)
Motiv užití levné pracovní síly k naplnění velkých lidských snů je takřka shodný s R.U.R. A tím podobnost nekončí. Mloci se postupně ukazují být daleko méně hloupými, než za jaké jsme je měli. Od podivně kroutících se tvorů za doprovodu „Ts-ts-ts“ se brzy dostáváme k prvním mločím slovům, ovšem jen papouškovaným a zdá se, že jsem opět narazili na hranici. Jenže než se naše upokojené vědecké duše nadějí, máme tu první mločí školy. Zpočátku zdánlivě docela nesmyslný počin, leč dlouhá doba neuplyne, než narazíme na Mloka, který plyně vyzvídá o české historii a stýská si po genitivu záporu. Jako by to ani nebyli ti samí tvorové.
Čapek sám přiznává, že Mloka stvořil jako jakýsi obraz člověka, takže události těchto několika, nejvýše několika desítek let lze chápat jako takový zrychlený běh dějin. Ovšem s jedním překvapujícím rozdílem: Mloci nikdy nevytvořili kulturu, poezii, filosofii, nezformovaly národy, neprojevovali individualitu a vůbec nic, co by nebylo účelné. Rozvinuli se jako masa čistého praktického intelektu, něco, co je čas od času i ideálem určitého druhu lidí. Je zajímavé sledovat kontrast mezi lidstvem a touto „dokonalou civilizací“.
Růst jejich mentálních schopností vyvolává spoustu otázek o místě Mloků ve společnosti. Různé věřejné debaty na toto téma jsou podávány převážně prostřednictvím různých novinových zpráv a pojednání, kterými je text protkán a kterých autor hojně zneužívá pro různé satirické narážky na některé nešvary a pošetilosti lidstva, jednotlivých národů i politiky jako takové. Ať už je to anglický konzervativismus nebo známé „Například v Německu byly pokusy na živých mlocích zakázány — le jen židovským výzkumníkům“. Nebo třeba to, že jediné, na čem se politici po měsících debat dokázali shodnout, bylo zavést z mloků daně. Jinak se toho ale pro Mloky moc nemění — je s nimi zacházeno docela slušně, ale zůstávají obdobně hostorickému postavení otroků majetkem pracujícím za nástroje a stravu.
V závěru se konečně ostáváme k tomu, na co jsme u Čapka asi od začátku čekali — vyhrocení situace a varovnému poučení. Odvíjí se jednak od toho, že populace Mloků nabyla ohromných rozměrů (několikanásobně převyšujících lidskou) a jednak od toho, že Mloci byli opatřováni zbraněmi. Zpočátku jen pro jejich vlatní obranu vůči žralokům, ale čím dál častěji i ze strategických důvodů. Je to opět onen známý paradox zbrojení: nepřítel to dělá taky a když přestaneme, získá převahu. Stejně v opačném směru. Ovšem většinou když varujeme, že by se toto úsilí mohlo obrátit proti nám, nemyslíme to doslova. Tady ano. Naše zbraně se nám stávají osudnými v rukou těch, které jsme jimi opatřili ve vlasntí rozpínavosti.
Mlokům se nějak podařilo sjednotit a začínají tunelováním a výbuchy okrádat lidi o pevninu zrovnatak, jako my jsme si přisvojovali moře. Trpká ironie. Anglie, Francie, Německo mizí pod hladinou. Beznadějné vyhlídky se završují, když se první Mlok objevuje na Vltavě.
Poslední kapitola knihy je velice zvláštní. Autor (skutečně vystupující jako spisovatel, mající možnost rozhodnout o dalším dění) zde vede jakýsi vnitřní dialog se svým svědomím o (ne)možnosti lidstvo v nastolené situaci zachránit. Rozuzlení nakonec nalezne ve faktu, že Mloci, natolik se duševně přiblíživši člověku, a jeho schopnostem, přejmou i některé jeho nectnosti. Dokonalá uniformita nezůstane věčně a rozhoří se vnitřní spory (tentokrát mezi 'civilizovanými' a 'divokými' Mloky), jež přerostou v globální konflikt, vyhubíce celou mločí populaci. Tady Čapek důmyslným trikem až do konce ukázal, kam lidské nešvary vedou, aniž by při tom musel zničit lidstvo — prostě je ukázal na Mlocích. Tedy přes dobrý konec varovná pointa zůstává.
Válka s mloky byla mým prnvím setkáním s tím, čemu se obvykle říká literární experiment. Mísí nejrůznější jazyk a styly — od nespisovného mixu češtiny a několika dalších světových jazyků kapitána Van Tocha, kde se (ne)přímá řeč zcela volně prolíná s okolním textem a někdy není lehké určit, co jsou slova vypravěče a co postavy — natož pak, jestli verbální — přes mnohé vložené novinové články a vážně vyhlížející pojednání až po dlouhé 'odborné' statě o pohlavním životě Mloků. Je to styl pestrý a každou chvíli překvapující. Čapek se zde snažil napodobit materiály (publicistické, odborné), jež by v takovéto době, kdyby neastala, opravdu vznikaly. Většinou realisticky, avšak občas si jimi taky dělal legraci z pánů vědců, novinářů, jejich věčných sporů a často snah v zajetých kolejích věc co nejrychleji odbýt (Ještě odbornější lidé pak tvrdili, že tento druh mloků není vědecky znám, a proto vůbec neexistuje.) Někde na hranici šťourání do sebevědomí vědy a symbolického významu je i kostra Mloka po léta považovaná za pravěkého člověka.